Selama masa pandemi virus COVID-19, kegiatan pembelajaran di Sekolah Indonesia Cairo dilakukan secara online. Setiap hari, pembelajaran terbagi dalam dua sesi, yaitu pagi pada pukul 9.00 – 11.00 dan siang hari pada pukul 13.00-15.00. Materi diberikan dalam bentuk video dan tatap muka dengan guru, disertai kuis menggunakan aplikasi quiziz dan kahoot.